Hệ thống điện tử là bộ phận chịu ảnh hưởng nặng nề nhất khi xe ô tô bị ngập. Nước và bùn có thể gây chập mạch ngay khi xe đang hoạt động, trong khi hơi ẩm đọng lại trong các mối nối, hộp cầu chì và dây điện sẽ dẫn đến hiện tượng ăn mòn. Quá trình này diễn ra âm thầm và có thể kéo dài nhiều tuần, thậm chí nhiều tháng sau đó trước khi gây ra các sự cố nghiêm trọng, khiến việc sửa chữa trở nên phức tạp và tốn kém.
Các mô-đun điều khiển động cơ, hộp số, hệ thống phanh ABS, túi khí, hệ thống giải trí và các cảm biến an toàn đều có nguy cơ hư hỏng hoàn toàn.

Bên cạnh đó, toàn bộ nội thất xe bao gồm thảm sàn, ghế ngồi, vật liệu cách âm cũng bị ngâm nước. Nếu không được làm khô kịp thời, nấm mốc và vi khuẩn sẽ phát triển, để lại mùi ẩm mốc khó chịu và tiềm ẩn nguy cơ ảnh hưởng sức khỏe người sử dụng. Các vật liệu như sợi ép và bìa cứng bên trong tấm cửa hoặc trần xe dễ bị trương nở, biến dạng hoặc phân hủy. Hệ thống thông gió và điều hòa cũng có thể bị nhiễm bùn, làm hỏng các bộ phận cơ khí và lọc gió.
Ngoài ra, nước còn khiến lớp vỏ dây điện bị giòn khi khô, làm giảm độ bền và tăng nguy cơ hỏng hóc về điện trong tương lai.
Do mức độ hư hỏng lan rộng, việc khôi phục một chiếc xe ngập nước đến nóc thường không khả thi về mặt kinh tế. Ngay cả khi sửa chữa xong, nguy cơ xảy ra lỗi tiềm ẩn vẫn rất cao, khiến xe khó có thể trở lại trạng thái vận hành ổn định như ban đầu.
Vì vậy, theo khuyến cáo của giới chuyên môn, chủ xe nên cân nhắc nghiêm túc việc thay thế phương tiện mới thay vì đầu tư sửa chữa một chiếc xe đã bị ngập hoàn toàn.